Експозиція “З історії духовної культури Закарпаття XVII-початку XX століть” розміщена в каплиці “Каплиця Трьох Святителів” замкового палацу й суміжних трьох залах, хронологічно охоплює трьохсотрічний період в історії краю й створена на базі оригінальних експонатів з фондів музею.
В експозиції представлені книги й рукописи ХVІІІ-ХІХ ст., ікони і карти ХVІІІ ст., портрет єпископа Андрія Бачинського та ін.
Дві зали експозиції присвячені історії Ужгородської духовної семінарії, котра розміщувалася у замку в 1776-1945 роках.
Каплиця прикрашена високохудожніми розписами на релігійну тематику, виконаними у 1856-1857 рр. художником Фердинандом Видрою та його учнями.
У 1857 році єпископ Мукачівської греко-католицької єпархії Василь Попович облаштував каплицю у колишній лицарській залі замку. Він освятив каплицю 11 лютого 1858 року на честь Трьох Святителів: Василія Великого, Григорія Богослова та Іоана Златоуста, покровителів семінарії.
Більша частина експозиції присвячена історії Ужгородської духовної семінарії, яка розміщувалася у стінах Ужгородського замку протягом майже 170 років.
Третій зал відведено для висвітлення розвитку освіти у нашому краї. Протягом тисячоліття освіта і культура були тісно пов’язані з церквою і знаходилися під її опікою. Поширення християнства на Закарпатті вимагало підготовки священиків, дяків, переписувачів книг і т. д.
Перші школи з’явилися при Мукачівському та Грушівському монастирях. Основну роль у розвитку народної освіти на Закарпатті у ХV-ХІХ ст. відіграли приходські парафіяльні школи.
Перші школи з’явилися у містах: Ужгороді (1401 р.) та Мукачеві (1552 р.). У ХVІІІ ст. такі навчальні заклади масово поширюються у краї. Важливим етапом стало відкриття Ужгородської гімназії.
У 1640 році володар Ужгородського замку Янош Х Другет переніс в Ужгород із Гуменного єзуїтську колегію та школу, відкриті там у 1613 році. У 1645 році будівництво приміщень для них було завершено. Весь комплекс включав колегію, школу та церкву і розміщувався на місці сучасного Кафедрального собору та єпископської резиденції.
У четвертому залі відтворено інтер’єр кімнати відпочинку ректора Ужгородської духовної семінарії, де, в основному, представлені меблі кінця ХІХ – початку ХХ ст.
