Експозиція ”Природа Закарпаття” розташована у чотирьох залах, тут висвітлюється географічне положення, геологічна будова, корисні копалини, мінерали краю та ін. Серед мінералів привертають увагу “марамороські діаманти”, кристали гранату, родоніт, унгварит та ін. У розділі експозиції, присвяченому давнім геологічним епохам, представлено відбиток риби-тунця, вік якого перевищує 30 млн. років, кістки та зуби мамонта, печерного ведмедя, відбитки листків деревних порід. Окремі зали присвячені тваринному й рослинному світу рівнинної, передгірської та гірської зон Закарпаття. Привертають увагу відвідувачів зрізи дерев, зокрема платана західного віком 360 років, гербарії лікарських та інших рослин, вологі препарати риб, земноводних і плазунів, багата колекція опудал тварин та птахів.

Експозиція «Закарпаття у період VIII – початку ХХ століть» розміщена у чотирьох залах та складається з 11 розділів про найбільш важливі віхи в історії краю. Хронологічно охоплює більше ніж тисячолітній період в історії нашого краю i створена на базі оригінальних експонатів із фондів музею.  На окрему увагу заслуговують грамоти та рукописи ХVІ-ХVІІ ст., взірці холодної та вогнепальної зброї ХІІ-ХVІІІ ст., захисні обладунки воїнів,  цінні археологічні знахідки, предмети побуту, знаряддя праці та ін. Багато унікальних речей експонуються вперше. Значне місце тут відведено історії Ужгородського замку та його володарям. Доповнюють експозицію майстерно виготовлені музейні інсталяції, манекени, макети,  художні полотна, портрети, фотоілюстрації та науково-допоміжний матеріал.

Експозиція “З історії духовної культури Закарпаття XVII-початку XX століть” розміщена в каплиці “Каплиця Трьох Святителів” замкового палацу й суміжних трьох залах, хронологічно охоплює трьохсотрічний період в історії краю й створена на базі оригінальних експонатів з фондів музею. В експозиції представлені книги й рукописи ХVІІІ-ХІХ ст., ікони і карти ХVІІІ ст., портрет єпископа Андрія Бачинського та ін. Дві зали експозиції присвячені історії Ужгородської духовної семінарії, котра розміщувалася у замку в 1776-1945 роках. Каплиця прикрашена високохудожніми розписами на релігійну тематику, виконаними у 1856-1857 рр. художником Фердинандом Видрою та його учнями. У 1857 році єпископ Мукачівської греко-католицької єпархії Василь Попович облаштував каплицю у колишній лицарській залі замку. Він освятив каплицю 11 лютого 1858 року …

Експозиція “Холодна і вогнепальна зброя XVI – поч. XX ст.” з фондових колекцій музею – представлені 60 зразків зброї у хронологічній послідовності від XVI ст. до початку XX ст. за видами та місцем виготовлення. Найширше представлена холодна зброя: кинджали, ножі, мечі, шпаги, шаблі, списи, алебарди, сокири, булави, перначі та інші. Її доповнюють зразки захисного озброєння стародавніх воїнів – кіраси, шоломи. Найціннішим її експонатом є парадна шабля польського короля й трансільванського князя Стефана Баторі 1576 р. З вогнепальної зброї показані мисливські рушниці, пістолети, карабіни, тромблони, а також порохівниці.

Виставка «Артефакти середньовічної церкви Ужгородського замку» розповідає про цікаві матеріали розкопок церкви на території Ужгородського замку. Руїни замкової церкви досліджувались з перервами у 1978 -1987 рр., коли під час реставраційних робіт в Ужгородському замку було виявлено п’ятигранну апсиду з контрфорсами і т. ін. Розкопки проводила археологічна експедиція під керівництвом археолога С. І. Пеняка. Польові дослідження відновлені лише у 2018 й продовжені у 2019, 2023 роках. В результаті виявлено декілька крипт, склепіння яких були зруйновані, ймовірно, ще у середині XVIII ст. під час пограбування австрійськими солдатами. На виставці експонуються кілька сотень артефактів. Серед знахідок – керамічні люльки ХVІІ-ХІХ ст., глечики, чарки, уламки скляних посудин та кахлів і т. ін. Особлива увага до унікальних раритетів – шаблі угорсько-польського зразка, перстнів-печаток, брошок, каблучок, медальйонів, монет ХVІ-ХVІІ ст., деталей чоловічого та жіночого одягу. …

Експозиція «Закарпаття між двома світовими війнами» охоплює період від 1914 по 1938 роки. Тут представлено розпад Австро-Угорщини, наслідки Першої світової війни і економічний стан в нашому краї, що привело до визвольних змагань 1918-1919 рр. Демонструється процес виникнення нової Чехословацької держави, до якої входило Закарпаття на правах автономії. Показано економічний, політичний, культурний розвиток краю у цей період.